Faktury elektroniczne mają szereg zalet. Zastępują dokumenty papierowe, więc w firmie nie robi się bałagan. Przedsiębiorca nie musi fatygować się, żeby przesyłać tradycyjną pocztą dokumenty kontrahentowi, ani tym bardziej zawozić ich osobiście. Może to spokojnie zrobić mailem lub udostępnić ją na specjalnej platformie, do której odbiorca również będzie miał dostęp. Jest tu więc oszczędność czasu, na którego nadmiar chyba nikt nie może narzekać.
Elektroniczny obieg faktur ma na celu między innymi odciążyć poszczególne działy w firmie od czasochłonnych czynności, jakimi są opisywanie faktur, czy nadawanie im numerów ewidencyjnych. Jednak wiele księgowych nie jest zadowolonych z takiego rozwiązania. Często wolą mieć papierowy dokument w ręku aby chociażby rozpisać sobie księgowanie na poszczególne koszty rodzajowe.
Zaletą elektronicznego obiegu faktur niewątpliwie jest to, że zeskanowane faktury trafiają do specjalnie skonfigurowanego programu, który umożliwia szybki podgląd faktury już po eksporcie dokumentów do programu księgowego.
Na uwagę zasługuje jednak fakt, że elektroniczny obieg faktur oszczędza czas niektórym działom firmy, kosztem czasu pań z działu sekretariatu, na których przeważnie ciąży obowiązek segregacji i skanowania dokumentów.